قطع برخی پروتکل‌های نرم‌افزاری در ایران نگرانی‌هایی را از ارتباط این موضوع با راه‌اندازی شبکه ملی اطلاعات (اینترانت) ایجاد کرده است. این پروتکل‌ها برای ساخت شبکه‌های خصوصی مجازی (وی‌پی‌ان‌ها) و فیلترشکن‌ها کاربرد دارند.
کاربران اینترنت در ایران از قطع پورت PPTP در ایران و انسداد راه‌اتصال به VPN در سراسر کشور خبر می‌دهند. این کاربران می‌گویند، دو هفته پیش از این نیز پورت L2PT توسط دولت جمهوری اسلامی برای مدتی بسته شده بود. این پروتکل هم اکنون نیز مسدود است.
پورت، محلی است برای ورود و خروج داده‌ها. به هر پورت نرم‌افزاری عددی اختصاص داده می‌شود. هر کدام از پورت‌ها کار خاصی انجام می‌دهند مثلا پورت ۲۵ مخصوص ارسال ایمیل است و پورت ۱۱۰ برای دریافت آن و پورت ۸۰ یا HTTP برای دسترسی به صفحه‌های اینترنتی.
در صورتی که خدمات‌دهنده‌ی سرویس اینترنت و یا شرکت زیرساخت، پورت‌های ۲۵ و ۱۱۰ را مسدود کند، امکان دریافت و یا ارسال ایمیل ممکن نخواهد بود. در صورت مسدود کردن پورت ۸۰ امکان استفاده از اینترنت غیرممکن است.
پورت PPTP یا Point-to-Point Tunneling Protocol برای ساخت شبکه‌های خصوصی مجازی (VPNs) مورد استفاده قرار می‌گیرد. مسدود کردن این پورت امکان استفاده از وی‌پی‌ان‌ها را غیر ممکن می‌کند. L2PT یا Layer 2 Tunneling Protocol و SSTP یا Secure Socket Tunneling Protocol نیز کاربرد مشابهی دارد.
بستن SSTP موجب از کار افتادن نرم‌افزارهای فیلترشکنی همچون فری‌گیت، اولتراسورف و تور نیز خواهد شد. این فیلترشکن‌ها از این پروتکل استفاده می‌کنند و استفاده از آنها در میان کاربران فضای مجازی در درون ایران بسیار متداول است.
نگرانی از راه‌اندازی اینترانت به جای اینترنت کاربران فضای مجازی در درون ایران با نگرانی بسته شدن این پورتکل‌ها را دنبال می‌کنند. یکی از این کاربران می‌نویسد: «به نظر می‌رسد که اجرای طرح اینترانت به جای اینترنت آغاز شده است.»
طرح اینترانت چند سالی است که مورد توجه مسوولان جمهوری اسلامی قرار گرفته است. پیش‌تر رضا تقی‌پور، وزیر ارتباطات و فن‌آوری ایران اعلام کرد که «فاز اول اینترنت ملی (اینترانت) امسال به بهره‌برداری خواهد رسید. وی می‌گوید که محقق شدن طرح اینترنت ملی نیازمند هماهنگی بین همه دستگاه‌های اجرایی برای تولید محتوا است.»
این وزارت‌خانه تصریح کرده بود «از آنجا که راه‌اندازی شبکه ملی اطلاعات جزء تکلیف دولت طبق برنامه پنجم توسعه است، این شبکه در فازهای مختلف در طول برنامه پنجم توسعه به بهره‌برداری خواهد رسید.»
مسئولان دولتی تصریح می‌کنند که با وجود شبکه ملی اطلاعات (اینترانت)، پهنای باند مورد نیاز داخل از پهنای باند دسترسی به شبکه جهانی اینترنت تفکیک خواهد شد و بدین ترتیب محدودیت سرعت دسترسی به اینترنت نیز برداشته می‌شود.
اینترانت به شبکه‌ای گفته می‌شود که بصورت محلی کار می‌کند. کار یک شبکهی اینترانت می‌تواند در سطح یک سازمان یا یک کشور محدود باشد. به عنوان نمونه دفا‌تر فروش بلیط‌های هواپیما‌ها و قطار در ایران از اینترانت ساخته‌ی خود استفاده می‌کنند. بسیاری از دانشگاه‌های ایران نیز شبکهی اینترانت خود را برای مدیریت و استفاده از اطلاعات تحصیلی دانشجویان دارند.
اینترانت، یک شبکهی داخلی است که راه به شبکهی جهانی اینترنت ندارد.
“شبکهی ملی اطلاعات” که در ایران طراحی شده شبیه به این نمودار عمل می‌کند. ارتباط مستقیم با شبکه جهانی اینترنت به طور مستقیم امکان‌پذیر نخواهد بود. فقط از طریق یک اینترانت داخلی که “شبکه ملی اطلاعات” نامیده می‌شود می‌توان به شبکهی جهانی دست یافت. بدین گونه اطلاعات کاربران می‌تواند به شدت کنترل شود و راه دسترسی به بسیاری سایت‌ها مسدود گردد.
”شبکهی ملی اطلاعات” (یا آنگونه که برخی مسولان جمهوری اسلامی به اشتباه آن را “اینترنت ملی” می‌نامند)، شبکه‌ای بومی و متشکل از مراکز داده ملی، زیرساخت‌های ارتباطی و سرویس‌های نرم‌افزاری است که در سراسر ایران مستقر خواهد شد و خدمات دولت الکترونیکی و سرویس‌های رفاهی و اجتماعی را از طریق بستر فیبر نوری و با پهنای باند حداقل ۱۲ مگابیت بر ثانیه به مردم ایران ارائه خواهد کرد. کار‌شناسان می‌گویند این شبکه مستقل از اینترنت جهانی عمل کرده اما به آن متصل است تا کاربران علاوه بر دریافت خدمات ملی از طریق شبکهی ملی اطلاعات، بتوانند از خدمات اینترنت جهانی نیز بهره‌مند شوند. اما کاربران فضای مجازی و فعالان حقوق بشر می‌گویند این احتمال وجود دارد که حکومت ایران برای کنترل بیشتر بر فضای مجازی از این شبکه استفاده کند. در چند سال اخیر شبکه‌های مجازی همچون فیسبوک در برنامه‌ریزی برای اعتراضات سیاسی و مدنی علیه عملکرد حکومت ایران و همچنین نسبت به اطلاع‌رسانی در مورد نقض حقوق شهروندان ایرانی و سرکوب اعتراضات مسالمت‌آمیز مدنی نقش بسیار پررنگی داشته‌اند به نحوی که مسوولان امنیتی این شبکه‌ها را به تلاش برای براندازی حکومت متهم کرده‌اند.
